A partir de denúncias do vereador Carlo Caiado sobre possíveis irregularidades na ampliação da concessão do Metrô para Opportrans, o Ministério Público Estadual (MPE) instaurou um inquérito civil público, sob o n.º 9825/2008, para apurar possíveis prejuízos aos cariocas. Segundo Caiado, além de irregularidade na ampliação do prazo de concessão, medidas anunciadas pelo Metrô, como a alteração nas atuais linhas 1 e 2 e a construção de viadutos provisórios, representam desperdício de mais de R$ 1 bilhão de recursos públicos.
Caiado encaminhou uma representação ao MPE, em fevereiro deste ano, com base em informações prestadas a ele por Fernando McDowell, doutor em engenharia de transportes e ex-secretário estadual de Transportes, quanto às mudanças anunciadas pelo governo do Estado e pelo Metrô.